Pipeline Pilot 研發(fā)業(yè)務(wù)智能平臺(tái)
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最后更新：2012-05-29
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生產(chǎn)企業(yè)：創(chuàng)騰科技有限公司
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產(chǎn)品詳細(xì)介紹 Pipeline Pilot 研發(fā)業(yè)務(wù)智能平臺(tái)
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為實(shí)驗(yàn)科學(xué)搭建計(jì)算模擬與信息管理平臺(tái)
* 作為實(shí)驗(yàn)科學(xué)家，您已經(jīng)知道計(jì)算模擬工具會(huì)給您的工作帶來很多好處，可您卻苦于無法抽出時(shí)間來去學(xué)那些復(fù)雜的使用方法和功能；
* 作為計(jì)算模擬的專家，您開發(fā)了很多的計(jì)算工具和應(yīng)用方法，可是卻找不到好的方式和方法讓實(shí)驗(yàn)科學(xué)家把這些工具有效的利用起來；
* 作為一個(gè)實(shí)驗(yàn)室或研究所的管理者，您是否在苦惱購置的計(jì)算模擬工具和管理系統(tǒng)得不到充分而有效的利用；
* 作為一個(gè)企業(yè)的研發(fā)負(fù)責(zé)人和管理人員，您是否在苦惱因?yàn)檠邪l(fā)過程中產(chǎn)生的各類信息掌握不及時(shí)，而在決策過程中遇到各種各樣的困難；
* 現(xiàn)在有了Pipeline Pilot以后，您上面遇到的問題就能夠得到較好的解決。下面有關(guān)Pipeline Pilot的詳細(xì)介紹，會(huì)讓您詳細(xì)的了解，Pipeline Pilot是如何解決這些問題的。
信息的處理和加工
對(duì)于從事藥物研發(fā)的企業(yè)來說，信息的收集、管理以及有效的利用是至關(guān)重要的。然而這方面的工作又十分繁瑣，而且很容易受到現(xiàn)有信息系統(tǒng)架構(gòu)的限制。Pipeline Pilot能夠自動(dòng)管理和分析不斷沖擊藥物研發(fā)領(lǐng)域的海量數(shù)據(jù)，省去常規(guī)而繁瑣的數(shù)據(jù)處理和分析工作。
化學(xué)信息、生物學(xué)信息的處理
化學(xué)組件：由80多個(gè)模塊組成，實(shí)現(xiàn)了超過125種不同的功能，提供了一套廣泛的分子屬性計(jì)算、過濾和操作工具。客戶利用這些工具能夠?qū)崿F(xiàn)：
- 化合物數(shù)據(jù)庫的整理和標(biāo)準(zhǔn)化，以及相應(yīng)的相似性搜索和子結(jié)構(gòu)檢索
- 組合化學(xué)庫的設(shè)計(jì)
- 結(jié)構(gòu)活性關(guān)系的建模，最大公共子結(jié)構(gòu)的查找
- 化學(xué)性質(zhì)的計(jì)算，如分子量、AlogP或極性表面積等
- 用擴(kuò)展連通性指紋（ECFP）方法計(jì)算分子結(jié)構(gòu)指紋
- 基于各種化學(xué)屬性對(duì)分子結(jié)構(gòu)進(jìn)行分類和篩選，如Lipinski過濾器中的類藥五原則等
該組件支持絕大多數(shù)的工業(yè)標(biāo)準(zhǔn)化學(xué)格式，包括來自MDL的SD, RG, RXN, 以及來自Daylight的SMILES, SMIRKS, SMARTS, TDT等各種表達(dá)化學(xué)結(jié)構(gòu)的文件格式，并可實(shí)現(xiàn)各種格式之間的轉(zhuǎn)化。
ADME/T組件：不僅能夠計(jì)算分子的各種ADMET性質(zhì)，如水溶性、血腦屏障通透性、肝毒性、腸吸收率和血漿蛋白結(jié)合率等，而且能夠預(yù)測(cè)已知藥物的代謝產(chǎn)物。
序列分析組件：通過超過100種的序列分析組件提供了一整套的生物信息學(xué)工具，將模塊化工具與圖形化的設(shè)計(jì)方式結(jié)合，實(shí)現(xiàn)對(duì)蛋白質(zhì)和核酸序列的注釋和特征分析，序列搜索和比對(duì)，產(chǎn)生引物和擴(kuò)增子，siRNA設(shè)計(jì)，發(fā)現(xiàn)限制性酶切位點(diǎn)等功能。
基因表達(dá)組件：實(shí)現(xiàn)了基因表達(dá)實(shí)驗(yàn)的數(shù)據(jù)處理、可視化、分析、標(biāo)記和報(bào)告生成等一系列功能。利用Pipeline Pilot的圖形化數(shù)據(jù)處理流程設(shè)計(jì)能力，可建立復(fù)雜的工作流程，同時(shí)也可將基因表達(dá)分析與Pipeline Pilot的其它功能聯(lián)合，這一切都無需任何的編程工作。
高通量測(cè)序(NGS)組件：支持多種目前流行的數(shù)據(jù)格式（Roche 454 FASTA、Solid CSFASTA、Illumina QSEQ、GFF3、SAM和BED等），功能涉及序列拼接、reads定位、RNA-seq數(shù)據(jù)分析、多態(tài)性與結(jié)構(gòu)差異查找以及reads篩選等多個(gè)方面。[PDF資料下載]
蛋白質(zhì)譜組件：提供了一系列對(duì)基于生物質(zhì)譜的蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)處理工具，可以對(duì)來自質(zhì)譜實(shí)驗(yàn)的數(shù)據(jù)進(jìn)行讀入、輸出、顯示、處理、分析、比較和發(fā)布。該模塊支持大數(shù)據(jù)文件的快速處理，并且產(chǎn)生多方位的詳細(xì)信息。
生物信息挖掘組件：能夠?qū)π蛄�、基因、蛋白、表達(dá)、通道和疾病信息進(jìn)行整合。作為對(duì)序列分析組件功能的擴(kuò)展，生物信息挖掘組件從內(nèi)部和外部數(shù)據(jù)資源中獲取信息、提升客戶決策力。生物信息挖掘組件可以訪問的外部資源包括GeneBank, UniGene, Entrez Gene, Prosite, KEGG, UniProt, Pfam, Gene Ontology和HomoloGene.
數(shù)據(jù)分析和統(tǒng)計(jì)建模
建模組件：包括一系列用于學(xué)習(xí)和建模的工具、統(tǒng)計(jì)性的過濾器、以及進(jìn)行分類的工具。利用這些工具，不僅可以表征和挖掘數(shù)據(jù)，還能構(gòu)建有預(yù)測(cè)能力的模型。實(shí)現(xiàn)快速的數(shù)據(jù)聚類分析、自動(dòng)的分類學(xué)習(xí)能力、主成分分析等，還可以結(jié)合化學(xué)組件使用，以實(shí)現(xiàn)構(gòu)效關(guān)系活性模型的建立、化合物聚類和最大公共子結(jié)構(gòu)的發(fā)現(xiàn)。
R統(tǒng)計(jì)學(xué)組件：能夠?qū)?shù)據(jù)進(jìn)行深入細(xì)致的分析，創(chuàng)建信息豐富的圖表，并提供有充分根據(jù)的結(jié)論。利用公共領(lǐng)域的R程序包，把統(tǒng)計(jì)學(xué)方法應(yīng)用到數(shù)據(jù)操作、分類、學(xué)習(xí)建模和數(shù)據(jù)分析當(dāng)中。使用R統(tǒng)計(jì)學(xué)組件能夠：
- 對(duì)若干的數(shù)據(jù)系列進(jìn)行Anova分析（方差分析）以揭示它們之間的相關(guān)性
- 用神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)技術(shù)為HTS（高通量篩選）活性數(shù)據(jù)建立模型
- 應(yīng)用眾多的聚類分析方法對(duì)活性化合物進(jìn)行分類
- 利用線形回歸方法找出實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)的相關(guān)性
決策樹組件：包括用于回歸分割模型的構(gòu)建、驗(yàn)證和應(yīng)用的各種工具。這些工具可以利用連續(xù)描述符或二進(jìn)制描述符（例如：分子結(jié)構(gòu)指紋描述符）進(jìn)行工作。客戶利用這些工具可以：
- 采用大量的描述符對(duì)海量數(shù)據(jù)進(jìn)行建模
- 了解每一個(gè)描述符對(duì)模型精確性（如對(duì)活性的預(yù)測(cè)）的重要程度
- 利用具有預(yù)測(cè)能力的模型對(duì)化合物庫或虛擬庫進(jìn)行篩選
應(yīng)用建模組件開展主成分分析
應(yīng)用決策樹組件進(jìn)行高通量篩選數(shù)據(jù)分析
圖像數(shù)據(jù)的處理
圖像處理組件：應(yīng)用Pipeline Pilot工作流程自動(dòng)化功能和視覺程序處理圖像任務(wù)。這種直觀的、基于Web的企業(yè)用戶可以訪問的軟件平臺(tái)提供成熟的工具，能夠提高、處理、分析、測(cè)量和報(bào)告圖像數(shù)據(jù)。圖像處理組件能夠?qū)?shù)字的、化學(xué)的、圖形的和文本的數(shù)據(jù)整合在一個(gè)計(jì)算平臺(tái)上。
Pipeline Pilot圖像處理組件具有如下優(yōu)點(diǎn)：
- 成熟的圖像處理工具和自動(dòng)工作流程用于分割圖像，識(shí)別、標(biāo)記和注釋對(duì)象；測(cè)量跨多通道圖像的數(shù)值性質(zhì)和統(tǒng)計(jì)性質(zhì)；圖像像素改變
- 適合任意的標(biāo)準(zhǔn)圖像格式
- 允許處理圖像和非圖像數(shù)據(jù)
- Pipeline Pilot服務(wù)體系提供無與倫比的可測(cè)量性，配置選項(xiàng)和質(zhì)量控制
- 高度形象和直觀的交互式結(jié)構(gòu)使圖像處理易于進(jìn)行
文本信息的處理
文本數(shù)據(jù)分析組件：Pipeline Pilot中具自動(dòng)化和數(shù)據(jù)整合功能的文獻(xiàn)檢索和文本數(shù)據(jù)挖掘工具。通過整合文獻(xiàn)檢索和文獻(xiàn)描述到用戶自己的科研流程中，完成最有挑戰(zhàn)性的文本數(shù)據(jù)挖掘目的。文本數(shù)據(jù)分析組件能夠?qū)崿F(xiàn)：
- 外部文獻(xiàn)或內(nèi)部文件檢索，或整合應(yīng)用第三方檢索引擎
- 使用含短語，通配符和同義詞匹配的單查詢語言
- 從文件和網(wǎng)絡(luò)文獻(xiàn)中提取關(guān)鍵概念或發(fā)現(xiàn)相關(guān)性
- 使用來自網(wǎng)上文獻(xiàn)的注釋和相關(guān)性提高化學(xué)或生物信息學(xué)日常事務(wù)效率
- 發(fā)現(xiàn)用戶相關(guān)領(lǐng)域的發(fā)展趨勢(shì)和新關(guān)系
數(shù)據(jù)處理結(jié)果的報(bào)告
數(shù)據(jù)的報(bào)告
報(bào)告組件：利用此組件可以為客戶定制數(shù)據(jù)分析和數(shù)據(jù)挖掘協(xié)議的總結(jié)報(bào)告。報(bào)告中可以顯示多個(gè)表格、曲線圖和圖像，從多個(gè)角度對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行觀察。用報(bào)告組件生成的報(bào)告格式可以個(gè)性化定義，用客戶認(rèn)為最好的方式來顯示數(shù)據(jù)和分析結(jié)果，便于闡述和存檔。
利用數(shù)據(jù)報(bào)告組件能夠?qū)崿F(xiàn)：
- 對(duì)來源完全不同的幾組數(shù)據(jù)集進(jìn)行總結(jié)
- 應(yīng)用標(biāo)準(zhǔn)模板生成包含所有結(jié)論的形式統(tǒng)一的報(bào)告
- 采用更直觀的方式來展示分析結(jié)果
- 通過網(wǎng)絡(luò)發(fā)布報(bào)告協(xié)議來簡化常用的數(shù)據(jù)庫查詢
資源的整合和共享
* 資源整合和共享能夠最大限度、有效地利用現(xiàn)有資源，避免資源重置和浪費(fèi)，降低成本，提升制藥企業(yè)的創(chuàng)新能力和競(jìng)爭(zhēng)力。
* 您想使您分散的計(jì)算資源整合成一個(gè)聯(lián)合的整體嗎？您想使您復(fù)雜的研究路線變成一個(gè)全自動(dòng)的流程化的協(xié)議嗎？您希望以簡單的方式將您開發(fā)的和擁有的計(jì)算資源共享嗎？您希望非專業(yè)用戶也能方便的使用您共享的計(jì)算資源嗎？Pipeline Pilot可以幫您實(shí)現(xiàn)這一切。
* Pipeline Pilot提供上了百個(gè)可以實(shí)現(xiàn)計(jì)算、篩選等各種操作的可配置組件，使數(shù)據(jù)處理協(xié)議（流程）很容易構(gòu)建。利用Pipeline Pilot圖形化的操作界面，客戶能夠靈活調(diào)用組件，輕松地將運(yùn)行在不同平臺(tái)上的第三方應(yīng)用程序（如分子對(duì)接和分子動(dòng)力學(xué)程序）集成到協(xié)議中。
* 協(xié)議建立后，可以發(fā)布給企業(yè)內(nèi)部成員使用，每個(gè)成員只需通過簡單的網(wǎng)頁界面，便可在任何地方調(diào)用這些協(xié)議來處理自己的數(shù)據(jù)。還可以降低提供給特定客戶的協(xié)議的復(fù)雜性，僅僅列出特定客戶能夠理解和使用的選項(xiàng)，利于特定客戶更輕松地使用，從而促進(jìn)計(jì)算研究工作中的合作，并把已有的研究成果擴(kuò)展到更廣泛的潛在用戶中去。
計(jì)算資源的整合
集成組件：Pipeline Pilot的一個(gè)重要的功能是它能和現(xiàn)有的計(jì)算資源集成在一起。集成組件提供了強(qiáng)大的集成功能，能夠把外部的應(yīng)用程序和數(shù)據(jù)庫無縫連接到Pipeline Pilot任何數(shù)據(jù)處理協(xié)議中。在Pipeline Pilot協(xié)議中，能夠完成：
- 在企業(yè)內(nèi)部數(shù)據(jù)庫中檢索數(shù)據(jù)或存儲(chǔ)檢索結(jié)果
- 有效的利用第三方應(yīng)用程序進(jìn)行計(jì)算
- 利用標(biāo)準(zhǔn)的腳本環(huán)境進(jìn)行快速的功能拓展
- 啟動(dòng)最喜愛的窗口應(yīng)用程序來瀏覽處理過的數(shù)據(jù)
客戶可以自定義集成組件并進(jìn)行發(fā)布，可以授權(quán)給其他用戶共享。終端客戶可以象使用系統(tǒng)中的其他組件一樣，方便地使用這些自定義組件，不用考慮這些外部程序放置在什么地方，或者這些集成過程是如何完成的。
SDK系列工具包：對(duì)于藥物研發(fā)企業(yè)，SDKs（software development kits）用于將Pipeline Pilot直觀而有用的科研能力和數(shù)據(jù)處理能力傳送給終端用戶。為了實(shí)現(xiàn)從私有的或第三方應(yīng)用程序?qū)ipeline Pilot流程運(yùn)行的完全控制，SciTegic提供三種不同的SDKs。Pipeline Pilot通過SDKs配置高度定制的客戶端界面使其強(qiáng)大的自動(dòng)化的和有效的數(shù)據(jù)處理流程被更多的用戶使用。這種零空間占用的Web界面能被用戶定制以滿足不同需要的。使用客戶端SDKs能夠?qū)崿F(xiàn)：
- 為更多的用戶配置強(qiáng)大的科研工具
- 構(gòu)建特定的終端界面，減少支持和培訓(xùn)成本
- 將Pipeline Pilot服務(wù)器作為中間層整合到企業(yè)應(yīng)用程序體系的支持件中
- 使用標(biāo)準(zhǔn)語言構(gòu)建客戶端應(yīng)用程序，降低配置成本
集成示意圖
與藥物設(shè)計(jì)軟件Discovery Studio的聯(lián)合使用
DS Catalyst系列組件：能夠完成與藥效團(tuán)模型相關(guān)的一系列新藥發(fā)現(xiàn)研究，包括化合物數(shù)據(jù)庫的生成與管理，化合物多構(gòu)象模型的生成，基于活性分子建立藥效團(tuán)模型（包括3D-QSAR藥效團(tuán)模型和共有特征藥效團(tuán)模型），基于受體結(jié)構(gòu)建立藥效團(tuán)模型，藥效團(tuán)模型的優(yōu)化，基于藥效團(tuán)模型的數(shù)據(jù)庫搜索和基于分子形狀的數(shù)據(jù)庫搜索等。
DS TOPKAT組件：化合物毒理性質(zhì)預(yù)測(cè)工具。通過化合物的二維結(jié)構(gòu)信息構(gòu)建高質(zhì)量的QSTR（定量結(jié)構(gòu)-毒性關(guān)系）模型，并對(duì)各類有機(jī)化合物的諸如急性毒性、慢性毒性、誘變性、再生性等性質(zhì)進(jìn)行預(yù)測(cè)，大大節(jié)省實(shí)驗(yàn)的投入和時(shí)間。包括專利技術(shù)——“最佳預(yù)測(cè)空間”評(píng)估驗(yàn)證技術(shù)（OPS – Optimum Prediction Space），以及高效的批處理預(yù)測(cè)能力，可對(duì)大批量的有機(jī)化合物的毒理性質(zhì)進(jìn)行快速而準(zhǔn)確的預(yù)測(cè)，滿足各類企業(yè)和研究機(jī)構(gòu)對(duì)化合物進(jìn)行毒理研究的需求。
DS CHARMm組件：DS CHARMm能夠用于研究多種分子（從小分子配體到多組分的生理復(fù)合物）的熱力學(xué)及動(dòng)力學(xué)特性，如核酸、蛋白質(zhì)、配體、蛋白質(zhì)和配體復(fù)合物的分子動(dòng)力學(xué)模擬及分析等。哈佛大學(xué)開發(fā)的這個(gè)工業(yè)標(biāo)準(zhǔn)的分子力學(xué)及動(dòng)力學(xué)程序，不斷升級(jí)并增加最新的功能。在Pipeline Pilot中，基于CHARMm的對(duì)接算法CDOCKER用于柔性分子對(duì)接。準(zhǔn)確的MM-GBSA和MM-PBSA score計(jì)算受體-配體結(jié)合自由能。除了領(lǐng)先的動(dòng)力學(xué)模擬引擎外，DS CHARMm還包含合適的力場(chǎng)和溶劑化模型及PME靜電模型。用戶可以使用DS CHARMm組件定制復(fù)雜的模擬流程，也可以將該流程與其它計(jì)算應(yīng)用軟件整合在一起使用。
資源的共享
三種客戶端模式：Pipeline Pilot包括幾種不同的客戶端使用界面，客戶可以根據(jù)特定需要選擇性的使用。
- 網(wǎng)頁客戶端：大量的潛在用戶可以通過簡單的網(wǎng)頁瀏覽器界面使用Pipeline Pilot的功能。他們可瀏覽其他用戶已發(fā)布的協(xié)議，按照意愿設(shè)置協(xié)議的參數(shù)，并運(yùn)行這些協(xié)議來處理數(shù)據(jù)。標(biāo)準(zhǔn)客戶端用戶和Lite客戶端用戶所運(yùn)行的協(xié)議都可以提供給網(wǎng)頁客戶端用戶運(yùn)行。
- Lite客戶端：Lite客戶端除了運(yùn)行現(xiàn)有協(xié)議這一基本功能以外，還有很多的擴(kuò)展功能。圖形化的操作界面可以幫助用戶了解每個(gè)協(xié)議的數(shù)據(jù)處理邏輯，并監(jiān)測(cè)它的進(jìn)程。更為重要的是，除了有關(guān)集成和腳本編程的組件（為標(biāo)準(zhǔn)客戶端用戶保留）以外，Lite客戶端用戶可以使用服務(wù)器上的任何組件來建立自己的協(xié)議。
- 標(biāo)準(zhǔn)客戶端：標(biāo)準(zhǔn)客戶端用戶擁有對(duì)Pipeline Pilot所有功能的完全控制。只有他們才可以發(fā)布開發(fā)出來的協(xié)議給其他用戶使用。他們還能通過創(chuàng)建和修改組件將Pipeline Pilot個(gè)性化。另外，他們可以通過集成組件和腳本編程組件實(shí)現(xiàn)對(duì)外部程序的控制。因此，標(biāo)準(zhǔn)客戶端用戶能夠無限地?cái)U(kuò)展Pipeline Pilot的功能，甚至可以從命令行界面來操作Pipeline Pilot，以實(shí)現(xiàn)協(xié)議的批處理。Pipeline Pilot至少需要一個(gè)標(biāo)準(zhǔn)客戶端，提供諸如協(xié)議發(fā)布和服務(wù)器管理等必要功能。
基于Windows系統(tǒng)和個(gè)人電腦、面向生命科學(xué)領(lǐng)域的新一代分子建模和模擬軟件Discovery Studio基于Pipeline Pilot。使用標(biāo)準(zhǔn)客戶端編輯的協(xié)議可以在Discovery Studio中使用，另外用戶也可以根據(jù)自己工作的需要將Discovery Studio中的部分功能流程在Pipeline Pilot中進(jìn)行編輯組合。
多用戶網(wǎng)頁共享模式：通過網(wǎng)頁瀏覽器，大量潛在用戶可以直接應(yīng)用Pipeline Pilot進(jìn)行數(shù)據(jù)處理和分析。利用Pipeline Pilot的網(wǎng)頁服務(wù)程序包，只需指定將要提供給其他用戶使用的協(xié)議，任何局域網(wǎng)內(nèi)部的用戶都可以使用發(fā)布的協(xié)議來處理自己的數(shù)據(jù)，以實(shí)現(xiàn)：
- 通過網(wǎng)頁傳輸易于使用的數(shù)據(jù)處理方法
- 讓更多實(shí)驗(yàn)科學(xué)家參與到信息學(xué)當(dāng)中
- 共享計(jì)算方法的應(yīng)用
網(wǎng)頁瀏覽界面是為大型團(tuán)隊(duì)特制的操作界面,為團(tuán)體的所有成員提供了一種簡單的方式來運(yùn)行現(xiàn)有的Pipeline Pilot協(xié)議。當(dāng)Pipeline Pilot標(biāo)準(zhǔn)客戶端用戶開發(fā)了一個(gè)新的重要協(xié)議時(shí)，能通過網(wǎng)絡(luò)將協(xié)議共享給整個(gè)團(tuán)體的其他用戶。網(wǎng)頁服務(wù)程序包能夠促進(jìn)計(jì)算和實(shí)驗(yàn)研究工作中的合作，并把已有的研究成果擴(kuò)展到更廣泛的潛在用戶中去。
- 整合和擴(kuò)展：Pipeline Pilot服務(wù)器安裝完成后，網(wǎng)頁服務(wù)程序包中提供的網(wǎng)頁客戶端就立刻可以使用，用戶只需在瀏覽器中指定正確的URL地址就可以運(yùn)行Pipeline Pilot協(xié)議。
從網(wǎng)頁瀏覽器訪問和運(yùn)行現(xiàn)有的Pipeline Pilot協(xié)議
企業(yè)級(jí)的信息管理平臺(tái)
在從事藥物研發(fā)的企業(yè)里，每時(shí)每刻都有大量的信息在各個(gè)部門之間等待傳輸和分析。如何對(duì)這些信息進(jìn)行快速而有效的管理，尤其是不同部門的管理和實(shí)驗(yàn)人員能否進(jìn)行實(shí)時(shí)數(shù)據(jù)交換，已成為企業(yè)首要面對(duì)的問題。
Pipeline Pilot能夠方便地建立不同的協(xié)議來實(shí)現(xiàn)不同部門人員的登錄，并通過對(duì)數(shù)據(jù)庫的實(shí)時(shí)存儲(chǔ)、管理和查詢，實(shí)現(xiàn)對(duì)工業(yè)規(guī)模的海量信息資源最有效的利用，從而大大提高企業(yè)的整體工作效率。
研發(fā)項(xiàng)目的跟蹤管理
Pipeline Pilot能夠方便地訪問企業(yè)內(nèi)部或外來的各種類型的數(shù)據(jù)庫和文件，因此可以從各個(gè)不同的信息源自動(dòng)提取研發(fā)項(xiàng)目的相關(guān)信息，并自動(dòng)生成圖文并茂、信息豐富的報(bào)告，由此實(shí)現(xiàn)對(duì)研發(fā)項(xiàng)目的跟蹤管理。
1， 項(xiàng)目的建立：醫(yī)藥、化工企業(yè)的項(xiàng)目一般都是以化合物為主體。Pipeline Pilot平臺(tái)上的項(xiàng)目管理首先從化合物的登錄開始，建立以一個(gè)或多個(gè)化合物為主體的項(xiàng)目，并對(duì)項(xiàng)目相關(guān)的信息進(jìn)行管理，如項(xiàng)目的合作伙伴，項(xiàng)目的進(jìn)度要求等。
2， 項(xiàng)目的評(píng)估：通過查詢相關(guān)的數(shù)據(jù)庫或資源，得到對(duì)項(xiàng)目的難度的大概評(píng)估，以及初步的解決方案。這些信息都可以通過Pipeline Pilot進(jìn)行管理。而對(duì)于項(xiàng)目中所需的化學(xué)試劑，Pipeline Pilot可以訪問化學(xué)試劑的庫存數(shù)據(jù)庫和采購信息數(shù)據(jù)庫，自動(dòng)生成預(yù)算報(bào)告，幫助對(duì)項(xiàng)目進(jìn)行成本核算。
3， 項(xiàng)目的分配：當(dāng)項(xiàng)目分配到項(xiàng)目組以后，Pipeline Pilot可以根據(jù)項(xiàng)目評(píng)估的結(jié)果自動(dòng)生成項(xiàng)目實(shí)施方案，包括合成路線的設(shè)計(jì)，項(xiàng)目的進(jìn)度安排，試劑采購安排等。
4， 項(xiàng)目進(jìn)度追蹤：項(xiàng)目組通過Pipeline Pilot將每天的工作內(nèi)容和所得的研發(fā)數(shù)據(jù)上傳企業(yè)中心數(shù)據(jù)庫，而Pipeline Pilot可以根據(jù)這些研發(fā)數(shù)據(jù)自動(dòng)生成項(xiàng)目周期報(bào)告，讓項(xiàng)目主管可以隨時(shí)了解項(xiàng)目的進(jìn)度及相關(guān)情況。
企業(yè)樣品的集中管理
每個(gè)項(xiàng)目完成后，得到的化合物樣品將自動(dòng)登錄企業(yè)樣品庫進(jìn)行管理。通過查詢企業(yè)樣品庫，可以隨時(shí)了解企業(yè)曾經(jīng)研發(fā)過哪些化合物。由此方便對(duì)新項(xiàng)目的調(diào)研，也方便和客戶進(jìn)行直接的溝通。另外通過查詢企業(yè)樣品庫，也可以隨時(shí)了解樣品的庫存歷史和現(xiàn)狀，對(duì)樣品進(jìn)行跟蹤管理。
化學(xué)試劑的集中管理
如果企業(yè)中心數(shù)據(jù)庫中包括了化學(xué)試劑的庫存和采購數(shù)據(jù)庫，Pipeline Pilot能夠在此基礎(chǔ)上對(duì)試劑的采購、庫存查詢、申領(lǐng)、配送、貴重/危險(xiǎn)試劑跟蹤等各個(gè)流程進(jìn)行支持。由此可以縮短試劑采購、配送周期，讓實(shí)驗(yàn)人員更早開始進(jìn)行實(shí)驗(yàn)；減少試劑浪費(fèi)，提高試劑庫存的安全性。
企業(yè)研發(fā)數(shù)據(jù)的集中管理
對(duì)于項(xiàng)目跟蹤而言，最難以實(shí)現(xiàn)的就是了解項(xiàng)目在實(shí)驗(yàn)室中的進(jìn)展。而通過Pipeline Pilot，合成化學(xué)家可以將每天實(shí)驗(yàn)報(bào)告中的研發(fā)數(shù)據(jù)和信息上傳到企業(yè)中心數(shù)據(jù)庫。然后項(xiàng)目主管可以隨時(shí)通過Pipeline Pilot提取項(xiàng)目報(bào)告，了解項(xiàng)目最新進(jìn)展情況。由此也可以加強(qiáng)企業(yè)內(nèi)部的信息溝通和共享。
當(dāng)合成化學(xué)家需要基于反應(yīng)方法設(shè)計(jì)組合化學(xué)庫時(shí)，只需用簡單的繪圖工具定義化學(xué)反應(yīng)，再提交反應(yīng)物數(shù)據(jù)庫，剩下生成組合庫的工作就完全交給Pipeline Pilot已設(shè)計(jì)好的工作流程
此流程完成一個(gè)酰胺鍵形成反應(yīng)的設(shè)計(jì)和相應(yīng)化合物庫的生成，同時(shí)將片段化合物庫中不符合要求的化合物也列表顯示。
Pipeline Pilot靈活的系統(tǒng)架構(gòu)，使得各種協(xié)議和任務(wù)能夠方便地跨平臺(tái)（Unix/Linux/Windows）運(yùn)行。通過SOAP，可以把外部的應(yīng)用程序和數(shù)據(jù)庫無縫連接到Pipeline Pilot的任何數(shù)據(jù)處理協(xié)議中，并通過Client/Server或Browse/Server模式，方便終端客戶的使用。
Pipeline Pilot全球用戶
Pipeline Pilot被廣泛應(yīng)用于醫(yī)藥、生物技術(shù)、化學(xué)和化工等工業(yè)及教育研究部門，在上述領(lǐng)域中具有較大影響的眾多跨國公司及著名研究機(jī)構(gòu)（下圖）將Pipeline Pilot用于日常企業(yè)管理和新藥研發(fā)中。
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